Guerrero Gómez, Olivia Alexandra (2016) Caracterización bioinformática de micrornas asociados a los sitios de integración de los virus del papiloma humano más frecuentes en cáncer de cuello uterino en Latinoamérica. Project Report. Universidad de Nariño, Pasto.
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El Cáncer de Cuello Uterino (CCU) está asociado a la infección persistente por el Virus del Papiloma Humano (VPH). La integración de este virus en el genoma celular determina la progresión a cáncer y el mecanismo de integración está establecido por sitios (secuencias) de integración, que a su vez están implicados en la desregulación de genes reguladores del ciclo celular localizados en las proximidades de tales sitios de inserción viral. Entre otros, los microRNAs (miRNAs), que comparten esta localización genómica, pueden tener un papel clave en esta neoplasia. Su importancia en la oncogénesis radica por un lado a su localización, alrededor del 50% de miRNAs se ubican en regiones asociadas con cáncer, y por otro por los perfiles de expresión aberrantes de tales miRNAs en tejidos cervicales anormales o cancerosos. Sin embargo, los miRNAs asociados a los sitios de integración de VPH en el CCU pueden tener mecanismos de acción diferenciados para las variantes genómicas humanas, es decir dentro de poblaciones humanas con características geográficas y genómicas particulares. El objetivo de la presente investigación fue desarrollar un flujo de trabajo bioinformático para caracterizar sitios de integración viral y posibles miRNAs blanco de integración de tipos oncogénicos de VPH más frecuentes en Latinoamérica sobre variantes genómicas humanas. Se utilizaron diversas herramientas bibliográficas y bioinformáticas que permitieron analizar la información contenida en artículos científicos reportados sobre la implicación de miRNAs en el desarrollo del CCU, y sobre sitios de integración de VPH. Mediante el uso de diferentes bases de datos se obtuvieron las secuencias de referencia de tales miRNAs, variantes latinoamericanas del genoma humano y genoma completo de VPH 16. Se realizaron mapeos entre estas secuencias y la predicción de la estructura secundaria de miRNAs específicos en CCU a través de métodos comparativos y métodos ab initio (desde el principio) para esclarecer el posible mecanismo de acción de estos miRNAs. Finalmente, se analizó la asociación de miRNAs, estructura secundaria y variantes genómicas humanas en el desarrollo del CCU a través de la creación de un algoritmo cualitativo. Como resultados de esta investigación, se identificaron 272 miRNAs asociados al desarrollo del CCU a partir de 139 investigaciones publicadas de diferentes localizaciones geográficas. A través del mapeo con la herramienta de alineamiento BLAT, se obtuvieron: 2.028 sitios de unión de tales miRNAs sobre genoma humano (versión GRCh38/hg38); 42 miRNAs (miR-1-3p, -23a-3p, -23a-5p, -27a-3p, -27a-5p, -28-3p, -28-5p, -31-3p, -31-5p, -152-5p, -103a-3p, -107, -133a-3p, -133a-5p, -133b, - 181c-3p, -181c-5p, -191-3p, -191-5p, -194-5p, -215-3p, -215-5p, -378a-3p, -425-3p, -425-5p, -449a, -449b-3p, -449b-5p, -491-3p, -491-5p, -548b-5p, -548c-5p, -548c-3p, -548d-5p, -574-5p, -576-3p, -581, -584-5p, -940, -944, -1287-5p y -5095) localizados en los sitios de integración de VPH analizados; 3 miRNAs (miR-5095, -548c-5p y - 548d-5p) tienen una relación importante con múltiples genes del ciclo celular, también implicados en el CCU; las seed sequence de 9 miRNAs (miR-28-5p, -103a- 3p, -107, -191-5p, -449b-3p, -449b-5p, -940, -548c-3p y -5095) mapeadas en el genoma completo de VPH 16; 10 miRNAs (miR-11-3p, -31-3p, -107, -133a-3p, - 133a-5p, -133b, -215-p, -491-3p, -548d-5p y -944) se encuentran conservados en las poblaciones de Medellín (Colombia), Los Ángeles con ancestros mexicanos, Lima (Perú) y Puerto Rico, y 32 miRNAs contienen sustituciones de nucleótidos específicas para cada variante genómica y otros tipos de mutaciones, que podrían conllevar a perdida de la funcionalidad de los miRNAs en una determinada población humana. Finalmente, se identificaron las posibles estructuras secundarias termodinámicamente estables de estos miRNAs asociados con sitios de integración de VPH, las cuales mostraron patrones de mapeo sobre variantes de genomas humanos. Con estos análisis se planteó un algoritmo no matemático que permite combinar el análisis estructural y predecir la alteración funcional de miRNAs asociados a la iniciación y progresión del CCU. Se plantea el potencial uso de los miRNAs analizados en los sitios de integración de VPH como posibles nuevos biomarcadores para el diagnóstico y pronóstico de esta enfermedad en procura de contribuir con estrategias que permitan mejorar la calidad de vida de las pacientes afectadas por este cáncer.
| Tipo de Elemento: | Monografía (Project Report) |
|---|---|
| Información Adicional: | Asesor: Milena Guerrero Flórez Co-Asesor: Jaqueline Mena Huertas |
| Palabras Clave: | CCU, VPH, sitios de integración de VPH, miRNAs, estructura secundaria, variantes del genoma humano, herramientas bioinformáticas |
| Asunto: | Q Ciencias > Q Science (General) Q Ciencias > QH Natural history > QH301 Biology |
| Division: | Facultad de Ciencias Exactas y Naturales > Programa de Biología > Trabajos de grado |
| Depósito de Usuario: | Monitor Biblioteca 3 Quijano Guerrero |
| Fecha Deposito: | 15 Nov 2023 16:55 |
| Ultima Modificación: | 15 Nov 2023 16:55 |
| URI: | http://sired.udenar.edu.co/id/eprint/9881 |
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