Estandarización de la técnica RNA-Seq para el estudio del transcriptoma de Mycobacterium tuberculosis cultivada en medio rico en ácidos grasos y sometida a estrés celular In Vitro

García López, Juan Pablo (2011) Estandarización de la técnica RNA-Seq para el estudio del transcriptoma de Mycobacterium tuberculosis cultivada en medio rico en ácidos grasos y sometida a estrés celular In Vitro. Project Report. Universidad de Nariño, Pasto.

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Resumen

La tuberculosis es una enfermedad pandémica con elevadas tasas de incidencia y mortalidad alrededor del mundo; las estadísticas muestran que aproximadamente 1/3 de la población mundial se encuentra infectada por el bacilo Mycobacterium tuberculosis, agente etiológico de la enfermedad. En la tuberculosis latente (estadio asintomático para el paciente), M. tuberculosis adopta un estado de dormancia, consecuencia de las condiciones de estrés a las que es sometido (inanición de nutrientes, hipoxia, pH ácido, etc.). La literatura reporta que en estas condiciones el patógeno puede usar los ácidos grasos como fuente de nutrientes, induciendo una respuesta de adaptación metabólica, y la expresión diferencial de genes. Dado el poco conocimiento sobre el comportamiento de la bacteria en estado dormante, y sobre los mecanismos de expresión génica que este microorganismo manifiesta en este estado, el presente estudio se enfocó en estandarizar la técnica de secuenciación masiva de RNA (RNA-Seq) acoplada a la plataforma de Illumina, con el propósito de estudiar el transcriptoma (conjunto de rRNA resultante de la traducción del genoma bajo determinadas condiciones) de M. tuberculosis cultivada en medio rico de ácidos grasos y sometida a estrés celular in vitro, todo esto como una alternativa para determinar biomarcadores moleculares y blancos terapéuticos. La técnica de RNA-Seq se realizó utilizando RNA de la cepa H37Rv cultivada en medios Dubos suplementado con ácidos grasos, y sometido a hipoxia; para la construcción de la librería direccional de cDNA, se modificaron las etapas de remoción de rRNA y fragmentación de mRNA, teniendo en cuenta las características genómicas de M. tuberculosis. La estandarización de todas las etapas asociadas a la técnica permitió determinar la expresión génica cuando fue visualizada en el programa bioinformático Artemis, concluyendo que la técnica puede utilizarse en estudios futuros para el análisis del transcriptoma del patógeno.

Tipo de Elemento:	Monografía (Project Report)
Información Adicional:	Directores: Edith Mariela Burbano Rosero. M.Sc. Ph.D. En Microbiología Juan Germán Rodríguez. Ph.D En Bioquímica
Palabras Clave:	Mycobacterium tuberculosis, enfermedad pandémica, RNA (RNA-Seq), remoción de rRNA
Asunto:	Q Ciencias > Q Science (General) Q Ciencias > QH Natural history > QH301 Biology
Division:	Facultad de Ciencias Exactas y Naturales > Programa de Biología > Trabajos de grado
Depósito de Usuario:	Monitor Biblioteca 3 Quijano Guerrero
Fecha Deposito:	21 Jun 2024 16:34
Ultima Modificación:	21 Jun 2024 16:34
URI:	http://sired.udenar.edu.co/id/eprint/14020

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